กองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา (กยศ.) จัดตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2538 และมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2539 ให้เริ่มดำเนินการกองทุนในลักษณะเงินทุนหมุนเวียน ตามนัยมาตรา 12 แห่งพระราชบัญญัติเงินคงคลัง พ.ศ. 2491 ต่อมารัฐบาลได้พิจารณาเห็นความสำคัญของกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษามากขึ้น จึงได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา พ.ศ. 2541 มีผลให้กองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษามีฐานะเป็นนิติบุคคล โดยอยู่ในการกำกับดูแลของกระทรวงการคลัง มีวัตถุประสงค์ให้กู้ยืมเงินแก่นักเรียนหรือนักศึกษาที่ขาดแคลนทุนทรัพย์เพื่อเป็นค่าเล่าเรียน ค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวเนื่องกับการศึกษา และค่าใช้จ่ายที่จำเป็นในการครองชีพระหว่างศึกษา
กองทุนเงินกู้ยืมเพื่อการศึกษาที่ผูกกับรายได้ในอนาคต (กรอ.) จัดตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 7 เมษายน 2547 ซึ่งได้เห็นชอบหลักการและแนวทางการปฏิรูปการเงินเพื่อการอุดมศึกษาโดยมีสาระสำคัญ คือ
1. รัฐเปลี่ยนบทบาทจากการเป็นผู้ลงมือจัดการศึกษาเป็นหลัก มาเป็นผู้สนับสนุน กำกับ ดูแล และกำหนดนโยบายการอุดมศึกษาเป็นหลัก และให้บทบาทในการลงมือจัดการศึกษาเองเป็นรอง
2. ใช้กลไกทางการเงินเป็นเครื่องมือในการปรับประสิทธิภาพการจัดการศึกษา รวมทั้งการดำเนินนโยบายการผลิตกำลังคนให้สอดคล้องกับความต้องการทางสังคมและประเทศ
ปีการศึกษา 2549 กองทุน กรอ. เริ่มดำเนินการเป็นปีแรก โดยให้นักศึกษาในระดับ ปวส. อนุปริญญา ปริญญาตรี กู้ยืมเงินเพื่อเป็นค่าเล่าเรียน
ปีการศึกษา 2550 รัฐบาลมีนโยบายยกเลิกกองทุน กรอ. โดยผู้กู้ที่มีคุณสมบัติตรงตามหลักเกณฑ์ของกองทุน กยศ. ให้เปลี่ยนเป็นผู้กู้กองทุน กยศ. และใช้หลักเกณฑ์การชำระหนี้แบบ กยศ.และผู้กู้กองทุน กรอ. เดิม ที่ไม่มีคุณสมบัติการกู้ยืมแบบ กยศ. สามารถกู้ยืมต่อได้จนจบหลักสูตร
ปีการศึกษา 2551 รัฐบาลมีนโยบายให้ดำเนินการกองทุน กรอ. ขึ้นมาใหม่สำหรับผู้กู้ยืมที่เข้าเรียนในชั้นปีที่ 1 ปีการศึกษา 2551 โดยเน้นสาขาที่เป็นความต้องการหลักและมีความชัดเจนของการผลิตกำลังคนร่วมกับภาคเอกชนเป็นลำดับแรก
ปีการศึกษา 2552 รัฐบาลมีนโยบายให้ดำเนินการกองทุน กรอ. สำหรับผู้กู้ยืมที่เข้าเรียนในชั้นปีที่ 1 ปีการศึกษา 2552 ที่ศึกษาในสาขาวิชาที่เป็นความต้องการหลักและมีความชัดเจนของการผลิตกำลังคน ซึ่งจะให้กู้ยืมเฉพาะค่าเล่าเรียน และค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวเนื่องกับการศึกษา โดยกำหนดนักเรียน นักศึกษาผู้กู้ยืมไม่เกิน 20,000 ราย และใช้งบประมาณคงเหลือของกองทุน กรอ. ในการดำเนินการ
ปีการศึกษา 2553 และ 2554 ยังคงให้กู้ยืมกองทุน กรอ. เฉพาะผู้กู้ยืมกองทุน กรอ. รายเดิมต่อเนื่องจนจบหลักสูตร
ปีการศึกษา 2555 มติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2555 ให้ดำเนินการกองทุน กรอ. สำหรับนักเรียน นักศึกษาในระดับอุดมศึกษาหรือเทียบเท่า เฉพาะหลักสูตร/สาขาวิชาที่เป็นความต้องการหลักและมีความชัดเจนของการผลิตกำลังคน โดยผู้เข้าร่วมโครงการฯ เป็นนักเรียน/นักศึกษารายใหม่ ที่มิใช่ผู้กู้ยืมรายเก่าของกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา (กยศ.) ยกเว้นกรณีผู้กู้ยืมรายเก่าของ กยศ. ที่เปลี่ยนระดับจาก ม.6 หรือเทียบเท่า และกรณีผู้เข้าร่วมโครงการฯ ที่มีฐานะยากจนมีสิทธิได้รับค่าครองชีพเพิ่มเติมจากค่าเล่าเรียนและค่าธรรมเนียมการศึกษาที่สถานศึกษาเรียกเก็บตามกฎหมาย โดยใช้อัตราเดียวกับของ กยศ. พร้อมทั้งให้เร่งจัดทำร่างกฎหมายรองรับการดำเนินการโครงการฯ ในระยะยาว โดยให้ควบรวมกฎหมาย กยศ. เป็นส่วนหนึ่ง และให้มีผลบังคับใช้ภายในปีการศึกษา 2556 ต่อไป
ปัจจุบัน พระราชบัญญัติกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา พ.ศ. 2560 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 27 มกราคม 2560 และมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม 2560 มีผลให้กองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษาอยู่ในการกำกับดูแลของรัฐมนตรี และมีฐานะเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดินหรือรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณและกฎหมายอื่น เนื่องจากกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษาตามพระราชบัญญัติกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา พ.ศ. 2541 และกองทุนเงินกู้ยืมเพื่อการศึกษาที่ผูกกับรายได้ในอนาคตตามระเบียบกระทรวงการคลัง ว่าด้วยการบริหารกองทุนเพื่อการศึกษา พ.ศ. 2549 ที่ออกตามพระราชบัญญัติเงินคงคลัง พ.ศ. 2491 มีการบริหารจัดการและการดำเนินการที่มีข้อจำกัด และไม่สอดคล้องกับนโยบายการผลิตกำลังคนและการพัฒนาประเทศสมควรบูรณาการการบริหารจัดการและการดำเนินการของกองทุน กยศ. และกองทุน กรอ. ให้เป็นเอกภาพอยู่ภายใต้กฎหมายเดียวกัน และเพิ่มมาตรการในการบริหารจัดการกองทุนให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น